LightCycler Kapillaren
LightCycler Polycarbonat Kapillaren - bruchsichere Alternative zu den Glaskapillaren. Das Starter Set umfasst den Rotoradapter für den LightCycler 2,0; 1,2 oder 1,5 und 96 Kapillaren
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| Katalog-Nr: | Beschreibung | Menge | Euro | Shop |
| A31-30960 | LightCycler qPCR-Kapillaren in Racks mit Deckel (Sie benötigen einmalig einen Rotor-Adapter) | 10x96 |
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Add |
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A31-30SKO |
LightCycler Starter-Set: Karussell-Adapter für LightCycler 1,2 oder 1,5 und 1 Rack, Transferhilfe und Deckel |
1 Rotor + 1x96 + 1 neuen Transfer Pin |
320,00 | Add |
| A31-30SK1 | LightCycler Starter-Set: Karussell-Adapter für LightCycler 2 und 1 Rack, Transferhilfe und Deckel |
1 Rotor + 1x96 + 1 neuen Transfer Pin |
320,00 | Add |
| A31-30TP | Verbesserter Transfer Pin | 1 Transferhilfe | 75,00 | Add |
Light Cyler capillaries from Roche Englisch description
Light Cycler Capillaries: Anfrag-E-Mail
User guide: Polycarbonate Kapillaren
Die Polycarbonat Kapillaren sind eine bruchsichere Alternative zu den Glaskapillaren. Sie verringern das Kontaminationsrisiko, aber vor allem das Verletzungsrisiko in Ihrem Labor.
Bestehende PCR Protokolle und Handhabungprozeduren sind zu fast 100% übertragbar. Die PCR-Ergebnisse zeigen vergleichbare Empfindlichkeiten wie bei Glaskapillaren. Das PCR-Reaktionsvolumen kann von 15 µl bis 50 µl frei gewählt werden. Die Kapillaren sind im 96-well Format verpackt (der lose) und werden zusammen mit den zugehörigen Deckeln geliefert. Eine Transferhilfe ermöglicht einfaches Arbeiten.
Polycarbonatkapillaren haben einen etwas größeren Durchmesser und eine dickere Wandung als die 20 µl Glaskapillaren von Roche. Um trotz des größeren Durchmessers einen effektiven Temperaturübergang von der Außenseite der Kapillare bis zum Mittelpunkt der PCR Reaktion zu gewährleisten, ist es daher ratsam die “Hold-Zeiten” beim Denaturierungs- und Annealingschritt zu verlängern.
Neue Transferhilfe:Mit dem neuen Transferpin erleichtern Sie sich die Arbeit. Kapillaren und Kappen lassen sich damit besser halten und verschließen.
Die Polycarbonat Kapillaren sind eine bruchsichere Alternative zu den Glaskapillaren. Sie verringern das Kontaminationsrisiko, aber vor allem das Verletzungsrisiko in Ihrem Labor.
Bestehende PCR Protokolle und Handhabungprozeduren sind zu fast 100% übertragbar. Die PCR-Ergebnisse zeigen vergleichbare Empfindlichkeiten wie bei Glaskapillaren. Das PCR-Reaktionsvolumen kann von 15 µl bis 50 µl frei gewählt werden. Die Kapillaren sind im 96-well Format verpackt (der lose) und werden zusammen mit den zugehörigen Deckeln geliefert. Eine Transferhilfe ermöglicht einfaches Arbeiten.
Polycarbonatkapillaren haben einen etwas größeren Durchmesser und eine dickere Wandung als die 20 µl Glaskapillaren von Roche. Um trotz des größeren Durchmessers einen effektiven Temperaturübergang von der Außenseite der Kapillare bis zum Mittelpunkt der PCR Reaktion zu gewährleisten, ist es daher ratsam die “Hold-Zeiten” beim Denaturierungs- und Annealingschritt zu verlängern.
Wir empfehlen die Zeiten für die Denaturierung und für das Annealing auf mindestens 10 Sekunden zu setzen. Zu kurze Denaturierungs- und Annealingzeiten führen dazu, dass keine PCR stattfindet, oder dass zumindest der Ct/Cp Wert höher liegen wird. Je nach PCR kann es auch notwendig sein die Denaturierungs-, bzw. Annealingzeit auf bis zu 15 Sekunden zu setzen.
Protokoll
Bereitstellung der Probe / Herstellen der PCR Mischung
Die Probe mit der DNA für die PCR kann entsprechend einem bereits bestehenden Protokoll hergestellt werden. Gegenüber Glaskapillaren von Roche sind keine zusätzlichen Abläufe oder Punkte zu beachten.
Auch der PCR-Mix kann entsprechend bestehender Protokolle angefertigt und benutzt werden. Alle PCR-Mastermixe, die mit Glaskapillaren funktionieren, können ohne Probleme in den Polycarbonatkapillaren benutzt werden. HINWEIS: Wenn möglich kein BSA zum Mastermix hinzufügen. Ausflockungen können die Messung negativ beeinflussen.
Es ist möglich, die Polycarbonatkapillaren für PCR Volumina von 15 µl bis 50 µl, ohne Änderungen am PCR-Programm, einzusetzen (für Details siehe auch den Punkt „PCR Programm“).
Handhabung der Kapillaren und Deckel
Für die einfachere Handhabung stellt GeneOn einen so genannten “Transferstift” zur Verfügung (Teil des Starterkits). Mit dem Transferstift können die Kapillarendeckel aus der Rack-Box entnommen werden. Falls der Kunde gewohnt ist, ohne einen Transferstift zu arbeiten, können sowohl Kapillaren als auch die Deckel mit den Fingern aus der Rack-Box genommen werden. Das sollte aber mit Einmalhandschuhen geschehen, um die PCR-Probe vor Verunreinigungen mit z.B. DNAsen zu schützen.
Um die Kapillaren mit den Deckeln richtig zu verschließen, ist der Transferstift das richtige Werkzeug. Damit können die Deckel einfach aus der Rack-Box entnommen und auf die Kapillaren gesetzt werden. Zum richtigen Verschließen der Kapillaren bitte fest aufdrücken. Man kann normalerweise 2x ein „Klack“ hören, wenn der Deckel richtig eingerastet ist. Zusätzlich kann man visuell überprüfen, ob der Deckel richtig sitzt, indem man kontrolliert, ob der schmalere Teil der Kapillare auch vollständig in der Kapillare sitzt.
Die KarussellsGeneOn bietet zwei Typen des Karussells an. Diese passen entweder in den LightCycler® 1.2/1.5 oder den LightCycler® 2.0 bzw. in den zugehörigen Zentrifugenrotor für den entsprechenden LightCycler® Rotor. Das Karussell 1.2/1.5 passt nur in den LightCycler® 1.2/1.5.
Das Karussell wiegt ca. 20 g mehr, als das entsprechende Karussell 2.0 und kann daher nur im entsprechenden Zentrifugenrotor verwendet werden. Es soll auf keinen Fall zusammen mit dem Zentrifugenrotor für das LightCycler® Karussell 2.0 benutzt werden.
ANMERKUNG: GeneOn übernimmt keine Haftung für die falsche Verwendung des Karussells in der Zentrifuge
Das Karussell 2.0 passt sowohl in den LightCycler® 1.2/1.5 sowie den LightCycler® 2.0. Da das Karussell aber ca. 20 g leichter ist, als das Karussell 1.2/1.5 kann es nur mit dem Zentrifugenrotor für die Version 2.0 benutzt werden!
Probenvorbereitung / Benutzung der LightCycler Zentrifugen Adaptoren
Der PCR-Mastermix (PCR-Ansatz) und weitere Komponenten können einfach in den oberen Teil der Kapillaren pipettiert werden (wie bei den original Roche Kapillaren). Um die Flüssigkeit bis zum Boden der Kapillare zu bekommen, kann die Kapillare entweder in ein 1.5 ml Reaktionsgefäß und damit in eine Zentrifuge gestellt werden (sehr kurzes anzentrifugieren reicht), oder, einfacher, die Flüssigkeit einfach durch ein kurzes ruckartiges Schütteln nach unten befördert werden. Letzteres bietet sich vor allem bei geringer Probenzahl an.
In beiden Fällen ist es nicht notwendig, die von Roche zur Verfügung gestellten Zentrifugen Adaptoren zu benutzen. Will man diese trotzdem benutzen ist das ohne Änderung in der Handhabung möglich. Allerdings passen die GeneOn Kapillaren nicht vollständig in die Adaptoren. Da die „Kapillarenköpfe“ oben raus schauen, kann der Rotorendeckel von gängigen Minizentrifugen nicht mehr auf den Rotor gesetzt werden. Das wäre aber auch nicht notwendig, da nur kurz anzentrifugiert werden muss.
Durchführung der PCR / PCR ProgrammDie GeneOn Polycarbonatkapillaren haben einen etwas größeren Durchmesser und eine dickere Wandung als die 20 µl Glaskapillaren von Roche. Um trotz des größeren Durchmessers einen effektiven Temperaturübergang von der Außenseite der Kapillare bis zum Mittelpunkt der PCR Reaktion zu gewährleisten, ist es daher ratsam die “Hold-Zeiten” beim Denaturierungs- und Annealingschritt zu verlängern.
Aus diesem Grund empfehlen wir, die Zeiten für die Denaturierung und für das Annealing auf mindestens 10 Sekunden zu setzen. Zu kurze Denaturierungs- und Annealingzeiten führen dazu, dass keine PCR stattfindet, oder dass zumindest der Ct/Cp Wert höher liegt. Je nach PCR kann es auch notwendig sein, die Denaturierungs- bzw. Annealingzeit auf bis zu 15 Sekunden zu setzen.
Sollten beide Zeiten schon von vorne herein größer als 10 Sekunden programmiert sein, so sollte es nicht mehr notwendig sein, Veränderungen am Programm vorzunehmen. Trotzdem kann versucht werden, sowohl die Denaturierungszeit als auch das Annealing um zusätzliche 5 Sekunden zu verlängern, um eventuell bessere Ergebnisse zu erhalten. Wenn die zusätzlichen 5 Sekunden zu keiner Ergebnisverbesserung führen, macht es keinen Sinn eine weitere Verlängerung der entsprechenden Schritte zu testen.
Da die Denaturierungseffizienz vor allem auch vom GC-Gehalt der Probe abhängt, kann es vorkommen, dass selbst bei deutlich verlängerter Denaturierungszeit eine nicht optimale PCR statt findet. In diesem Fall ist es sinnvoll, die Denaturierungstemperatur von 95°C auf 97°C zu setzen (nicht länger als 10 sec.).
| glass | polycarb. | glass | polycarb. | glass | polycarb. | |
| Denaturing | 0 sec | 10 sec | 5 sec | 10-12 sec | > 7 sec | > 10 sec |
| Annealing |
0 sec | 10 sec | 5 sec | 10-12 sec | > 7 sec | > 10 sec |
| Extension | 10 sec | 10 sec | 5 sec | 10-12 sec | > 7 sec | > 7 s |
| glass | polycarb. | glass | polycarb. | glass | polycarb. | |
| Denaturing | 0 sec | 5 sec | 5 sec | 7-10 sec | > 7 sec | > 10 sec |
| Annealing |
0 sec | 10 sec | 5 sec | 10 sec | > 7 sec | > 10 sec |
| Extension | 10 sec | 10 sec | 5 sec | 5-8 sec | > 7 sec | > 7 s |
LightCycler is a registered trademark of a member of the Roche group.
Fluoreszenz Detektion
Alle Standardfarbstoffe (Probes) können auch bei Benutzung der GeneON Kapillaren detektiert werden. Hierzu ist keine Änderungen der Einstellungen notwendig. Falls ROX als Fluoreszenzfarbstoff detektiert werden soll, kann es zu Schwierigkeiten kommen. Bei Verwendung von ROX sollte daher eine Gelelektrophorese gefahren werden. Ist die DNA-Bande im Gel sichtbar, es ist aber nicht möglich die Fluoreszenz mit dem LightCycler® zu detektieren, so gibt es keine Möglichkeit die PCR mittels verlängerter Hold-Zeiten, oder Erhöhung der Denaturierungszeit zu verbessern.
Schmelzkurvenanalytik
Wenn die Schmelzkurven höhere Tm zeigen oder weiter gestreut sind, als bei den Original Rochekapillaren, dann empfehlen wir bei der Messung den Temperaturanstieg pro Zeitintervall zu verkleinern (weniger als 0.1 increments).
Probenverwendung nach der PCR
Wenn Sie die PCR Reaktion mittels Gelelektrophorese untersuchen wollen, dann ist es am einfachsten die Polycarbonatkapillaren mit dem „Kopf" nach unten in ein 2.0 ml Reaktionsgefäß zu stellen und den PCR durch kurzes anzentrifugieren in einer Tischzentrifuge aus der Kapillare zu zentrifugieren. Die PCR-Reaktionslösung kann dann anschließend entsprechend der speziellen Anforderung weiter verarbeitet werden.
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